স্বভাবতই অন্যান্য জাদুঘর থেকে মুক্তিযুদ্ধ জাদুঘর বিষয়-বৈশিষ্ট্যে সম্পূর্ণ আলাদা। দ্বিতল ভবন-বিশিষ্ট জাদুঘরের ছয়টি গ্যালারিতে সাজানো প্রদর্শনীতে পরিকল্পিত ও সুচারু ব্যবস্থাপনার ছাপ স্পষ্ট । ভবনের প্রবেশ মুখে ছোট প্রাঙ্গনে রয়েছে শহিদ ডা. ফজলে রাব্বির ব্যবহৃত একটি গাড়ি।
প্রথম গ্যালারিঃ প্রথম গ্যালারিতে পরিপাটি করে সাজানো রয়েছে বাংলার প্রাচীন ঐতিহ্য-নিদর্শন ও ব্রিটিশ ঔপনিবেশিক শাসনের বিরুদ্ধে সংগ্রামের চিত্র। পলাশী প্রান্তরের নকশা, সিপাহী বিদ্রোহ, টিপু সুলতান, তিতুমীরের অংকিত চিত্র, ক্ষুদিরাম, প্রীতিলতা, মাওলানা মোহাম্মদ আলী, শওকত আলী ও ঢাকা ভার্সিটি কমিটির আলোক চিত্র, রবীন্দ্রনাথের ছোট ভাস্কর্য, অবিভক্ত ভারত ও বাঙালি জাতির ইতিহাস ঐতিহ্যের চমৎকার সব প্রমাণ। রয়েছে ময়নামতি, পাহারপুর, ষাটগ¤ভুজ মসজিদের মডেল, তালপাতার পুথি, প্রাচীন গির্জা, প্রাচীন বাংলার শিল্প কর্মের নিদর্শন এর একটি ছবি।
দ্বিতীয় গ্যালারিঃ এই গ্যালারিতে তুলে ধরা হয়েছে পাকিস্তানিদের বৈষম্য, অত্যাচার, শাসন-শোষণের ইতিহাস। এতে সংগৃহীত রয়েছে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের ব্যবহৃত পোশাক, কলম, পাইপ, রুমাল ও চিঠিপত্র।
তৃতীয় গ্যালারিঃ এই গ্যালারির প্রদর্শনের শুরুতেই রয়েছে বঙ্গবন্ধুর ৭ মার্চের উদাত্ত আহ্বানের চিত্র। রয়েছে ‘৭১ এর অসহযোগ আন্দোলন, ২৫ মার্চে গণহত্যা, কালুরঘাট বেতার কেন্দ্রের স্বাধীনতার ঘোষণা, অস্থায়ী সরকারের শপথ গ্রহণ ও শরণাথীদের দুর্গত জীবন চিত্র।
চতুর্থ গ্যালারিঃ এই গ্যালারিতে রয়েছে বেশ কিছু শোকেস। বিভিন্ন শহিদদের ব্যবহৃত পোশাক ও অন্যান্য জিনিসপত্র এখানে সংরক্ষণ করা হয়েছে। এছাড়া আরও আছে বিদেশের পত্র পত্রিকায় গণহত্যা সম্পর্কিত বিভিন্ন প্রতিবেদন।
পঞ্চম গ্যালারিঃ পঞ্চম গ্যালারিতে মুক্তিযুদ্ধে সাধারণ মানুষের অবদানের সাক্ষ্যবাহী নিদর্শনের পাশাপাশি স্থান পেয়েছে গেরিলা যুদ্ধ, স্বাধীন বাংলা বেতার, নৌকামান্ডো, বিমান বাহিনী, নারী সমাজ, মুক্তিযুদ্ধে ব্যবহৃত অস্ত্রশস্ত্র, বৈদেশিক সমর্থন এবং বিশেষ করে ভারতীয় জনসাধারণের সমর্থনের প্রতিচ্ছবি।
ষষ্ঠ গ্যালারিঃ এটি জাদুঘরের শেষ কক্ষ। এতে রয়েছে ভারতীয় বাহিনীর অশংগ্রহণ ও আত্মত্যাগের নিদর্শন। রয়েছে পাকবাহিনীর আত্মসমর্পনের চিত্র, তাদের দোসর রাজাকার, আলশামস, আল বদরের জঘন্যতম হত্যাকান্ডের নিদর্শন। এছাড়া রয়েছে বাংলার বীর যোদ্ধাদের আত্মদানের গৌরবের পরিচয়।