কোটা পদ্ধতি সামাজিক ন্যায়বিচার প্রতিষ্ঠার উদ্দেশ্যে প্রণীত হলেও এর কিছু নেতিবাচক দিক রয়েছে যা সমাজে বিতর্কের সৃষ্টি করে। প্রথমত, কোটা পদ্ধতি যোগ্যতার ভিত্তিতে নয় বরং নির্দিষ্ট গোষ্ঠীর জন্য সংরক্ষিত আসনের মাধ্যমে সুবিধা দেয়, যা প্রকৃত যোগ্য প্রার্থীদের বঞ্চিত করতে পারে। এটি মেধাবী শিক্ষার্থী ও চাকরিপ্রার্থীদের মধ্যে হতাশা এবং অসন্তোষ সৃষ্টি করে, যা দীর্ঘমেয়াদে সামাজিক বৈষম্যকে আরও বাড়িয়ে দিতে পারে।
দ্বিতীয়ত, কোটা পদ্ধতি প্রায়শই প্রাপ্ত সুবিধাকে প্রয়োজনের ভিত্তিতে নয়, বরং শুধুমাত্র একটি গোষ্ঠীর সদস্যতার ভিত্তিতে বিতরণ করে। ফলে, প্রকৃত প্রাপ্য বা আর্থ-সামাজিকভাবে পিছিয়ে থাকা ব্যক্তিরা কখনো কখনো সুবিধা থেকে বঞ্চিত হতে পারে। তৃতীয়ত, এই পদ্ধতি সমাজে আরও বিভাজন সৃষ্টি করে, কারণ এটি বিভিন্ন গোষ্ঠীর মধ্যে প্রতিযোগিতা এবং বিদ্বেষকে উস্কে দেয়।
সবশেষে, কোটা পদ্ধতি দীর্ঘমেয়াদে দক্ষতার ঘাটতি সৃষ্টি করতে পারে, কারণ এটি মেধা ও দক্ষতার চেয়ে গোষ্ঠীগত পরিচয়কে অগ্রাধিকার দেয়। এই সমস্ত কারণেই অনেকেই মনে করেন যে, সমাজের সার্বিক উন্নতির জন্য কোটা পদ্ধতির পরিবর্তে যোগ্যতার ভিত্তিতে সমান সুযোগ দেওয়া উচিত।
